PET/CT検査にはこのような限界があり、全てのがんの検出に万能というわけではありません。
見つけにくいがんには腎臓がん、膀胱がん、肝臓がん、前立腺がん、胃がん、脳のがん、炎症を起こしている部位等にあるがんがあります。

検査薬（FDG）は現在まで重篤な副作用（ショック、死亡など）の報告はありません。
検査薬の放射線による被ばくは通常のCT検査の1/10～1/5程度です。PET/CT検査ではこれにCTによる被ばくが加わりますが、通常のCT検査と同程度の被ばくと考えられています。

血糖値を測定し、その後、検査薬を静脈内に注射します。
検査薬投与後はFDGががんなどに取り込まれるまで1時間ほど安静にしておまちください。その後の撮影は20-30分程度です。全行程は2～３時間を要します。

検査時の血糖値が150mg/dl以上で検査への影響が出てくるとされ、200mg/dl以上では病変が見つかりにくくなると報告されています。このため、検査前に血糖測定で血糖値を確認します。
血糖値が高い場合、検査を延期または中止する場合があります。血糖降下薬・インスリンを使用すると通常では糖が集積しない部分にFDGが集積してしまい、正確な診断ができなくなりますので、朝は通常通りでかまいませんが10時以降は使用しないでください。